9990620 Компактный конвертор EMBL-PDB на Java
Программа-конвертор фактически будет являться иерархией нескольких языков программирования.
Набор функций:
READ читает DNE-файл из буфера обмена данными, превращая его в массив строк FList(N) - массив строк CDS находит комбинацию символов "CDS" и возвращает индекс начала и конца кодирующей ДНК-последовательности CDS(N1,N2) N1-индекс первого и N2-последнего символа кодирующей последовательности SECT формирует последовательность символов (строку) по "CDS" Symbol(N) - энный символ кодирующей последовательности AMIN формирует структуры аминокислотных остатков по специальному коду GENS(24) - массив специальных кодов структур аминокислотных остатков Алгоритм генерации стркутуры по специальному коду PEPTID формирует структуру белка по последовательности триплетов ДНК предварительно вычисляет массив структур аминокислотных остатков STRUCT(24). STRUCT(N)=AMIN(GENS(N))
N=TYPE(M), где TYPE(64) - массив индексов 23 аминокислот
M=INDEX(AAA), где AAA-триплет, кодирующий очередную аминокислоту
массив их химического состава CONTENT(24) именует атомы аминокислот в выходном файле ent
INDEX формирует номер аминокислоты по триплету A=0, C=1, G=2, T=3 AAA=16*0+4*0+1*0=0 WRITE записывает файл в стандарте PDB (Filename.ent) в буфер обмена
http://ftp.decsy.ru/nanoworld/index.htm