20011231 Как делаются научные открытия (н.п)

Программист Сергей Захаров принес мне новую версию программы CASP, которая
выдала скрипт для 3D-Studio Max, по которому построилась модель лизоцима из
кольцегранных моделей аминокислот.
Мы стали разбираться, почему же модель не замыкается?
Я предложил запустить тест, в котором бета-спираль заворачивает на 180 градусов.
Комбинацию вариантов (1-3-1) мы взяли из научной статьи по белкам.
Поворота на 180 градусов не получилось не только по программе Захарова, но и
по программе, которая правильно строит лизоцим.
Меня это сильно удивило.
-Давай посмотрим, какая комбинация вариантов поворачивает на 180 градусов
белковую цепь в лизоциме, - предложил я Сергею Захарову.

Мы посмотрели пространственную модель лизоцима, которую выдает CASP по
алгоритму Евгения Неделько. Нашли поворот на 180 градусов и по вторичной
структуре лизоцима нашли последовательность вариантов. Она оказалась 1-2-3-3.
После этого я написал новый тест, в котором бета спираль должна повернуть на
180 градусов.
Тестовая последовательность вариантов:
2-2-2-2-2-2-2-2-2-2-
1-2-3-3-
2-2-2-2-2-2-2-2-2-2.
Программа Неделько построила бета-спираль, которая в средней части поворачивает
на 180 градусов. По программе Захарова 180 градусов не получилось, поэтому
придется продолжить настройку углов, а возможно и алгоритма...
Однако, открытие сделано! Определена последовательность вариантов (1-2-3-3),
которая поворачивает бета-спираль на 180 градусов.
Альфа-спираль не поворачивает на 180 градусов, если в нее включить эту последовательность.
Цепь лизоцима поворачивает на 180 градусов, хотя она состоит не из бета-спирали...
В этом еще нужно разобраться может быть даже Вам, а мы после открытия последовательности
1-2-3-3, поворачивающей бета-спираль белка и нетривиальную цепь лизоцима на 180 градусов,
решели создать скрипт для 3D-Studio Max, в котором содержатся следующие части:
1. Задание начальных условий (создание моделей ядер и электронов)
2. Задание формул взаимодействия между объектами (найти описание!)
3. Задание числа кадров анимации
Этот скрипт должен решить проблему укладки белковой цепи с учетом физико-химических
взаимодействий между элементарными частицами, образующими молекулу, в частности бела.

В настоящее время написаны программы на языке  Pascal и Delphi, которые могут (почти правильно)
смоделировать процесс образования структуры атома гелия. 

http://ftp.decsy.ru/nanoworld/index.htm