20011201 Работа на программой CASP-3D-Studio Max Script 

Постановка задачи.

Написать скрипт для 3D-Studio Max, который:
1. Читает dne-файл, таблицу триплет-аминокислота-вариант-миди (миди пока
	не будет использоваться), вариант-угол, набор файлов-скриптов,
	строящих аминокислоты (Ala.txt...Tyr.txt)
2. Выделяет по сложному CDS (исходник CASP) последовательность триплетов.
3. Содержит алгоритм (можно взять из исходника dne_to_ent.htm, dne2ent.exe,
	CASP) по которому 3D-Studio Max будет строить белок из готовых
	моделей аминокислот, поименованных Ala...Tyr и построенных в исходной
	позиции по набору скриптов.
4. Набор амино-скриптов можно написать, конвертируя файлы *.gen, взяв за базу
	скрипт построения пептидной группы.
5. Алгоритм раскраски можно взять из программы Неделько-Захарова (CASP).

6. maxscript.pdf - Описание скриптов для 3D-Studio Max
Можно также посмотреть ссылки ниже.

На выходе должна получиться модель типа:

Но модели по скрипту, выдаваемому программой сегодня строятся криво.
Я подозреваю, что это связано с тем, что ось, вокруг которой
крутится аминокислота криво поставлена. Обрати внимание на несовпадение
разноцветных колец в начале координат. Они должны совпадать полностью

Изображение соседних аминокислот в перспективе

Вид слева

Вид сверху

Фронтальная проекция
 Скрипт для двух аминокислот с кривой осью

 Работа с пластмассовыми моделями аминокислот и ДНК












Черновой вариант N1 этого текста:

Работа на программой CASP-Java

1. В программе CASP есть массив координат центров атомов.

Нужно сгенерировать аналогичный массив координат точек поверхностей
торов-электронов.

Желательно это сгенерировать алгоритмом, входящим в ggenedit.exe
по скриптам *.gen (см. файлы: из каталога Data / Programs / genetics
/ genetics.zip /// GENS/
ala.gen
cys.gen
...
tyr.gen)
Каждый ген можно забить в программу в виде строки данных. Подпрограмма-
генератор массива координат генерит массив точек одного тора по параметрам
из окна входных данных (число точек по большому кругу тора, число точек по
малому кругу тора), затем натягивает грани по маске из окна входных данных



В качестве тора-электрона хотелось бы иметь модель, генерируемую
Программой Е.Неделько. (см. текст: Программы создания рельефных орнаментов для 3D-Studio Max  


Скрипт с любопытным вариантом натягивания граней на тор

Другой любопытный орнамент: 

Желательно, чтобы было еще одно окно управления, где можно было бы
редактировать: таблицу углов, число вершин, изображающих тор, маску
орнамента, таблицу цветов аминокислот.

 Примеры скриптов для визуализации массива.

 Внешний вид электронной поверхности белка и скрипт,
генерируемый модулем Сергея Захарова.
                                        
В основу работы этого модуля положен этот скрипт

Желательно раскрасить электронную поверхность так, чтобы можно было
различать отдельные аминокислоты, начало и конец белковой молекулы
(существующая раскраска какая-то неудачная...)

2. Добавить в интерфейс кнопки ENT, TS, SS, RR, MID, MS (Новый стандарт -
скрипт для 3DS Max), при нажатии на одну из которых во втором окне
появляется результат работы программы. Желательно сделать еще одну кнопку
для генерации скрипта, изображающего ядра атомов сферами (отдельная песня).

3. Добавить в Java-вариант распознавание сложного CDS из DELPHI - исходника.

4. Встроить описание модуля, генерирующего скрипт в
 общее описание программы.
Уточнить, что реализовано на языке Java

5. Желательно сделать редактируемую таблицу углов.

Список текстов, имеющих отношение к этой теме.

19990411 Письмо Евгению Неделько (науч)
19990420 Коодинаты атомов аминокилот (науч)
19990520 Таблица код-остаток-вариант-частота-нота (науч)
19990618 Как работает программа-конвертор EMBL-PDB (filename.dne - filename.ent) (науч.)
19990620 Компактный конвертор EMBL-PDB на языке Java (науч)
19990622 Письма Евгению Неделько (науч)
19990623 Описание алгоритмов программы по белкам (науч)
19991215 Евгений Неделько сделал таблицу в Exel для программы CASP
20000131 Статья в журнал Молекулярная биология(науч.)
20000509 Построение масштабной модели пространственной структуры белка...
20000509 Статья в журнал "Биохимия" (науч.)
20010208 Язык живых молекул (н.п)
20010421 Программы создания рельефных орнаментов для 3D-Studio Max 
20010502 Программирование структур (Scripts for 3D-Studio)
20010512 Письмо от Программиста
20010621 Конкурс создателей игры Конструктор жизни
20010622 Новая версия программы Пикотехнология белка
20010708  Алгоритм создания скрипта для 3D Studio, строящего белковые молекулы.
20010709 Возможности 3D Studio, освоенные в процессе работы над программой Casp3.
20010905 Программа моделирования полиформных электронов(научн.)
20011013 Java-скрипты (новый раздел энциклопедии)
20011128 Конструктор LegoNan: снятие ограничений конструктора Lego (н.п)
20011201 Работа над программой CASP-DELPHI (науч.)















Черновой вариант N2 пятого пункта чернового варианта N1:

5. Таблица генов виртуальной реальности из каталога GENS, входящего в genetics.zip.
По этой таблице алгоритмом из ggenedit.exe можно пересчитывать положение торов,
генерируемых алгоритмом по numBoards (п. 2.) и выдаваемых в виде второй части
скрипта (после шапки-комментариев) в выходное окно. Таким образом, в выходном
окне появится сначала шапка комментариев, затем скрипт, генерирующий все
аминокислоты (это даже я могу попробовать сделать помимо алгоритма из ggenedit).
После чего программа начинает выводить скрипт, управляющий перемещением аминокислоты
согласно таблице вариантов и углов.
Фактически нужно взять алгоритм Сергея Захарова, который строит модель белка
и заменить его формулы на формулы, по которым пересчитываются координаты
центров атомов, т.е. родные формулы программы CASP.
 в массив конкретной аминокислоты,
например, Ala, Cys, ... Tyr.

Результаты этого пересчета должны образовать тот
самый массив, аналогичный массиву центров атомов всех аминокислот. Однако он должен
содержать не только координаты точек, но и информацию о гранях, которую нужно
будет выдать в качестве скрипта для 3D-Studio Max. 
















Чернововй вариант N3.

При запуске программы появляется окно входных данных из программы dne_to_ent.htm

с вставленным в него примером (наш любимый код лизоцима). Под входным окном следующие кнопки:

1. PDB (бывшая Target) вместо кнопки Convert. Нажатие на нее приводит к
появлению в выходном окне (того самого) текста в формате PDB, только с
учетом сложного CDS.
2. TS Нажатие приводит к появлению текста в формате TS
3. SS
4. RR
5. MIDI
6. MS (3D-Studio Max Script)
7. Next Part нужно разместить либо в другом ряду, либо еще как-то,
чтобы не путать с другими кнопками. Там же разместить и Select All.
8. Adjust Нажатие приводит к появлению Adjust-скрипта в каком-то окне.

Adjust-script состоит из следующих компонент:

1. Таблица углов поворота аминокислоты в зависимости от варианта.
2. Параметры тора (numBoards из программы Е.Неделько).
3. Маска орнамента (задаются не квадраты, а именно треугольники (см. ту же
	программу Е.Неделько), из которых можно складывать те же квадраты,
	треугольники, сплошную поверхность и пр.).
4. Первая часть скрипта (комментарии Кушелева), которая будет выдаваться в выходное
	окно без изменений.
5. Вторая часть скрипта (пишет Кушелев), по которым 3D-Studio Max построит модели
	всех аминокислот в стартовой позиции под их именами из колец, скрипт которых
	сформирует CASP-Java программа по данным из входного окна (numboards, mask,
	angles tab.) В качестве заглушки можно взять скрипт aminoacids.txt
6. Параметры раскраски модели белка, по которым программа CASP-Java сформирует
	скрипт для раскраски белка.

В выходном окне после нажатия на кнопку MS (Мах Script) должен появиться
скрипт, состоящий из следующих частей:

1. Первая часть (комментарии Кушелева)
2. Вторая часть (полностью перенесенная из входного окна часть скрипта,
	по которым 3D-Studio Max построит модели всех аминокислот в стартовой
	позиции под их именами из колец, скрипт которых сформирует CASP-Java
	программа по данным из входного окна (numboards, mask, angles tab.)	  
3. Третья часть (генерируется программой CASP-Java), по которой 3D-Studio Max
	пересчитает координаты аминокислот из стартовой позиции в структуру
	белковой молекулы.
	Генерация скрипта делается на базе алгоритма пересчета массива
	координат центров атомов. Однако, этот алгоритм выдается в форме
	скрипта, а пересчитывать будет 3D-Studio Max...















Черновой вариант N4.

Задача: Составить скрипт для 3D-Studio Max из следующих частей:

1. Список комментариев. (пишет Кушелев)
2. Скрипт, формирующий по триплету аминокислоту в текущей позиции. (Кушелев)
3. Скрипт, перемещающий аминокислоту в следующую позицию по таблице триплет-угол (Неделько)
4. Скрипт, организующий цикличную работу по П. N3. (Неделько)
5. Скрипт, читающий файл в стандарте DNE (Неделько)

Фактически нужно написать скрипт для  3D-Studio Max, который будет выполнять
функцию программы dne_to_ent, точнее, CASP, только на входе остается
файл DNE, а на выходе вместо файла PDB и других - процесс формирования
структуры белка из заготовок (моделей аминокислот) по таблице триплет-угол.

Создание этого скрипта возлагается на Евгения Неделько...


http://ftp.decsy.ru/nanoworld/index.htm