20010428 Письмо организотору конкурса CASP (Предсказание структуры белка)
Предысторию смотри в тексте 20010417
Предыдущий ответ организатора конкурса CASP:
.
20010428 Leszek:
Dear Alexander,
Thanks for the letter. There are two issues.
1) Structure determination of proteins using X-ray crystallography is a very
complex procedure. There are examples of errors where wrong sequence was placed
in a model (I don't have exact references). As with any experiment You can
expect that there will be some kind of errors in the final results.
Nevertheless I think they are not that frequent. X-ray crystallography is quite
robust.
2) Computational structure predictions methods:
In those I don't trust at all :-)
Leszek
.
.
.
20010428 Alexander Kushelev:
Dear Leszek!
You wrote: "Nevertheless I think they are not that frequent." (about X-ray errors)
.
(hystory see at DATA\TEXTS.RUS\20010417\index.htm)
.
Давайте рассмотрим ситуацию более детально.
Let's consider a situation in more details.
.
Наша программа реализует геометрический алгоритм.
Our program realizes geometrical algorithm.
.
Она присоединяет следующий аминокислотный остаток к
предыдущему под табличным углом, однозначно связанным с триплетом ДНК.
It attaches next aminoacid to previous under a tabulared corner unequivocally
connected with DNA-code.
.
Вероятность случайного замыкания последовательности, состоящей из 22
аминокислотных остатков равна 3**(-21) (совпадение координат) умножить на
0.002 (совпадение направлений радикалов цистеинов). Т.е. равна
3**(-21)*0.002 < 10**(-13), т.е. ошибка практически исключена.
The probability of casual short circuit of a sequence consisting from 22
aminoacids
is equal 3 ** (-21) (concurrence of coordinates) * 0.002 (concurrence of
directions of Cys-radicals). I.e. is equal 3 ** (-21) *0.002 < 10**(-13),
i.e. error is not.
.
Теперь посмотрим результат интерпретации X-ray (рентгена).
Now look at X-ray interpretation.
.
Цистеины действительно образуют связи, но не между собой, а с другими
остатками.
Cys-Cys already exsists, but others!
.
При этом расстояние между цистеинами по ретгену > 10 нанометров.
Cys-Cys X-ray-distans > 10 nm.
.
Давайте разберемся, что же можно определить методом рентгеноструктурного
анализа (X-ray).
Let's understand, that it is possible to determine by X-ray method.
.
В нашем случае лизоцима (хорошо изученного белка) X-ray не может увидеть
отсутствия альфа-спиральных участков.
In our case lysozyme (well investigated peptide) X-ray can not see absence
of alpha-helix sites.
.
Согласно X-ray лизоцим состоит именно из участков альфа-спиралей.
Agrees X-ray lysozyme consists of alpha-helix sites.
.
Мы с Вами можем убедиться, что альфа-спиралей на протяжении 22
аминокислотных остатков нет вообще (с вероятностью
99.99999999999%).
We with you can be convinced, that alpha-helix during 22 aminoacids is not
present in general (with probability 99.99999999999 %).
.
О методе X-ray мы знаем следующее:
We know about X-ray-method the following:
.
1. Он не способен различать атомы легче Si.
1. It is not capable to distinguish atoms more easy Si.
.
2. Он не способен различать отдельные аминокислотные остатки.
2. It is not capable to distinguish separate aminoacids.
.
3. Ошибаясь на 1 Ангстрем в пространстве он может ошибиться на целый виток
альфа-спирали.
3. Were mistaken on 1 A in space it can be mistaken on the whole coil of
alpha-helix.
.
4. Тепеть мы убедились в том, что он может увидеть альфа-спирали там, где их
нет вообще.
4. Now we were convinced that it can see alpha-helix there, where them are
not present in general.
.
Подведем итог.
Let's sum up.
.
Можно ли утверждать: "Nevertheless I think they are not that frequent."
(about X-ray errors), если X-ray не позволяет видеть даже отсутствие
альфа-спиральных участков в хорошо изученном лизоциме?
Whether it is possible to assert(approve): "Nevertheless I think they are
not that frequent. " (about X-ray errors), if X-ray does not allow to
see even absence of alpha-helix sites in well investigated lysozyme?
.
Я думаю, что интерпретацию данных X-ray можно сравнить с гаданием на
кофейной гуще.
I think, that the interpretation of the data X-ray can be compared to a
guessing on coffee more richly.
.
Я предполагаю, что большая часть белков, которые считаются построенными из
альфа-спиралей, имеют более тонкую структуру, которую можно увидеть
с помощью нашей программы.
I assume, that the most part of peptides, which are considered constructed
from alpha-helix, have more thin structure, which can be seen with the help
of our program.
.
Вы вспомните, что для большинства ученых было очевидно, что Солнце вращается
вокруг Земли, однако мы с Вами знаем, что это было всеобщим заблуждением.
You recollect, that it was obvious to the majority of the scientists, that
the Sun rotates around of the Earth, however we with you know, that it was
by general error.
.
Я бы очень хотел вместе с Вами установить истину в этом вопросе.
I very much would want together with you to establish true in this question.
.
С уважением и лучшими пожеланиями,
Александр Кушелев
Yours faithfully and best regards,
Alexander Kushelev
.
.
.
20010508 Leszek:
Dear Alexander,
Sorry for my late answer. I was away from my office.
I would also like to solve the protein folding problem. So far though, I don't
trust in any structure prediction methods. If You want to convince the
scientists that Your program creates correct models, You need to find proves for
that. It will be difficult. It took some time to convince people that the earth
is spinning around the sun. I can only wish You luck. I will also attempt to
solve the folding problem. I do believe that most of the X-ray structures are
correct, but the models generated by my methods are probably wrong. I can not
find any evidence for the opposite. I will work on bringing the models generated
by my method closer to the X-ray models first. If this works fine I could try to
look for cases where I think my models are better. But this second step is to
far ahead yet, I think.
Best regards,
Leszek
Перевод на русский язык (С.А.Писаржевский)
Уважаемый Александр!
Извините меня за задержку с ответом. Я бы также хотел решить проблему фолдинга белка. Однако до сих
пор я не доверяю никаким методам предсказания структуры. Если Вы хотите убедить ученых, что Ваша
программа создает правильные модели, вы должны найти для этого доказательства. Это будет трудно.
Потребовалось время, чтобы убедить людей, что Земля вращается вокруг Солнца. Я могу только пожелать
вам удачи. Я также попытаюсь решить проблему фолдинга. Я считаю, что большинство данных
рентгеноструктурного анализа корректны, но модели, генерируемые моими методами вероятно ошибочны.
Я не могу найти никаких подтверждений обратного. Сначала я буду работать над тем, чтобы привести в
соотвтствие модели, генерируемые моими методами, с данными рнтгеноструктурного анализа. Если это
будет хорошо работать, я могу попытаться найти случаи, когда по моему мнению мои модели лучше. Но этот
второй шаг , как я думаю, еще слишком далеко впереди.
С наилучшими пожеланиями
Лешек
.
Перевод на русский язык (С.Е.Полищук)
Уважаемый Александр,
Прошу прощения за мой поздний ответ. Я был вне офиса.
Я бы тоже хотел решить проблему сгибов белков, хотя до настоящего времении я
не доверял никаким методам предсказания структуры. Если Вы хотите убедить
ученых в том, что Ваша программа создает корректные модели, Вам необходимо
найти доказательства этого. Это будет трудно.
Для того чтобы убедить людей в том, что Земля вращается вокруг Солнца, тоже
потребовалось определенное время. Я могу только пожелать Вам успехов. Также
я попытаюсь решить проблему сгибов. Я верю, что большинство "рентгеновских"
структур верно, но модели, сформированные моими методами, неверны. Я не могу
найти никакого основания для обратного. Я буду сначала работать над
приближением моделей, полученных моим методом, к "рентгеновским" моделям.
Если у меня это получится, я бы смог попытаться найти случаи, где, как мне
кажется, мои модели лучше. Но я полагаю, что этот второй шаг пока слишком
далеко впереди.
С уважением,
Лешек.
.
.
.
http://ftp.decsy.ru/nanoworld/index.htm