20010417 Письмо Сергею Полищуку

Привет, Сергей!

Я тут сравнил структуру лизоцима, которую выдает наша программа (prog.gif) со структурой, опубликованной в банке PDB по результатам рентгена (xray.gif).

prog.gif

Структура лизоцима (фрагмент), построенная по алгоритму нашей программой

xray.gif

Структура лизоцима (фрагмент), построенная по данным рентгена из банка PDB

На иллюстрациях показан только фрагмент из 21 аминокислотных остатков. Ты видишь разницу? Меня это сначала тоже удивило. Потом я стал внимательно рассматривать структуру, построенную по рентгену. Оказалось, что этот кусок ребята сделали из классической альфа-спирали и разных поворотов. Самое смешное, что в полной структуре лизоцима у них почти все цистеины соединяются друг с другом, только не в том порядке, в котором показывает наша программа.

Я начал понимать, что они прочитали учебник, в котором написано, что глобулярные белки сделаны из альфа-спиральных участков. Затем посмотрели на цистеиновые остатки, которые должны образовывать дисульфидные мостики. Затем они построили куски альфа-спиралей от одного дисульфидного мостика до другого, заполнив их аминокислотными остатками, уложенными в альфа-спираль.

Целая модель лизоцима, построенная из альфа-спиральных участков не плохо похожа на целую модель, построенную нашей программой. Однако, наша модель соединила цистеины в дисульфидный мостик по алгоритму, а эти ребята соединили мостики наугад, поэтому и перепутали.

Тот мостик, который по нашей программе замкнул 21 аминокислоту у них не замкнулся.

Вероятность случайного замыкания в нашей программе, как ты уже знаешь меньше одной десятимиллиардной. Тут лажа "рентгена" на мой взгляд очевидна. Причем лажа очень крупная. Представляешь, рентген, который не ошибается больше ангстрема, "ушел" от реальной структуры на пару десятков аминокислотных остатков! После этого называть его эталоном - значит не думать о своем будущем...

Ты не мог бы послать эти файлы Лешеку, переведя на английский язык следующий текст: Уважаемый Лешек! Мы решили проверить работу Вашей программы на фрагменте белка Лизоцима. Наша программа предсказывает структуру фрагмента лизоцима (prog.ent). Данные рентгена для этого белка мы взяли из PDB (xray.ent).

Просматривая эти два файла программой SwissView мы обнаружили, что "по рентгену" фрагмент CYS96...CYS117 разомкнут, в то время, как по нашему предсказанию он замкнут через дисульфидный мостик.

Вероятность случайного замыкания в нашей программе равна 10 в -11 степени. Это дает основание утверждать, что фрагмент лизоцима все-таки замыкается.

Как Вы считаете после этого можно относиться к достоверности "рентгена"?

Вложенные данные:

prog.ent - фрагмент лизоцима в стандарте PDB (предсказание)
prog.gif - изображение замкнутого фрагмента лизоцима программой SwissView
prog.txt - скрипт для 3D-Studio Max
prog.wrl - виртуальная модель
prog_wrl.gif - фотография виртуальной модели
xray.ent - фрагмент лизоцима в стандарте PDB (из PDB)
xray.gif - изображение разомкнутого фрагмента лизоцима программой SwissView
pdb208l.ent - полный файл лизоцима из PDB
lysozyme.dne - ген лизоцима из EMBL
http://ftp.decsy.ru/nanoworld/data/programs/dnetoent/dne_to_ent.htm - EMBL-to-PDB-Converter .

Интересно узнать реакцию Лешека. Может быть он сам врубится, что рентген-данные - это просто лажа?

Твой Кушелев

Продолжение переписки см. в 20010428.txt