20010302 Переписка с Розой Идлис (фирма BioCode Technologies LTD (Israel))


20010225 21.47 22.04 Роза Идлис:
Уважаемый Александр Юрьевич!

Ко мне неоднократно обращались с вопросами о Вашем подходе к фолдингу
белков, но я, к сожалению, не могу понять, а, следовательно, и оценить Вашу
работу по тем сведениям, которые я нашла в интернете.

Как обстоит дело сейчас? Есть ли публикации в научных журналах? Участвовали
ли Вы в международных конкурсах по предсказанию вторичных и третичных
структур белков?

Если Ваш подход верен, то неверен наш. А я как раз обращаюсь в венчурный
фонд за финансированием его проверки и развития на его основе новых
биотехнологий. Может, незачем :). Но меня смущают многочисленные косвенные
экспериментальные подтверждения нашего подхода с помощью специфически
взаимодействующих антисенс-пептидов.

И еще вроде Вы упоминали о том, что моя с Л.Б.Меклером статья 1993 г.,
опубликованная в "Природе" номер 5, отцифрована и где-то размещена.
Напомните, пожалуйста, адрес. У меня диск полетел, и вся старая почта
пропала.

Всего наилучшего и успехов Вам во всех Ваших начинаниях.

Роза Идлис
BioCode Technologies LTD (Israel)
rosa@folding.tierranet.com
.
.
.
20010225 11.30 Александр Кушелев:
Здравствуйте, уважаемая Роза Идлис!
Я не стал бы категорично утверждать, что наши методы противоречат друг
другу. Вы работаете на уровне взаимодействия атомных групп, а я обнаружил,
что это взаимодействие дублируется генетическим кодом, начиная с
определенного уровня эволюции. Наши методы дополняют друг друга, а это
означает, что в сумме мы можем рассчитывать на больший результат, чем по
отдельности.
Мы сейчас участвуем в CAFASP-2 (конкурс определения вторичной и третичной
структуры белка). Наша группа nanoworl проходит под номером 33. (см. раздел
Тексты, "20010112 Конкурс по белкам (науч)")
Все результаты Вы можете посмотреть через энциклопедию Наномир по адресу:
http://ftp.decsy.ru/nanoworld/index.htm
Свежайшие тексты и другие материалы находятся по адресу:
http://nanoworld.narod.ru
Ваша статья находится в разделе тексты: "19991022 Общий стереохимический
генетический код (Меклер, Идлис)" по адресу:
http://ftp.decsy.ru/nanoworld/data/images/books/mekler/index.htm
Пишите!
Рад пообщаться с людьми, представляющими научный авангард цивилизации.
Ваш Александр Кушелев

.
.
.
20010228 01.28 01.46 Роза Идлис:
Уважаемый Александр Юрьевич!

Спасибо. Но мы все-таки не поняли, каких результатов вам удалось достичь в
предсказании вторичной структуры белков. Не затруднило ли бы Вас прислать
нам сводную таблицу всех сделанных Вами предсказаний и их сравнение с
результатами РСА или ЯМР тех же белков.

Если Ваш подход верен, то мы должны полностью пересмотреть свой, и
немедленно, ибо сейчас решается организационная судьба нашей работы. Правда,
то, что мы моделируем - это не нативная, а промежуточная конформация
трехмерных молекул белков. Для нативной у нас другой код (П-К-код)
гипотетически выдвинут, и есть некоторая статистическая корреляция, но меня
она не удовлетворяет. Вопрос открыт, и если у Вас получается, то это влечет
за собой далеко ведущие последствия, и научные, и организационные.

Еще вопрос: если у Вас есть экспериментальные факты о том, что фолдинг
химически синтезированных полипептидов отличается от фолдинга таких же
полипептидов, синтезированных на рибосомах, пришлите, пожалуйста, ссылки.

С уважением.
Роза
.
.
.
20010228 11.05 Александр Кушелев:
> Уважаемый Александр Юрьевич!
>
> Спасибо. Но мы все-таки не поняли, каких результатов вам удалось достичь в
> предсказании вторичной структуры белков.
.
-Представьте себе фрагмент белка лизоцима (см. вложение). Известно, что 22
аминокислотных остатка замыкаются в цикл через дисульфидный мостик. Наш
алгоритм чисто геометрический. Каждая следующая аминокислота присоединяестя
в модели к предыдущей под табличным углом, например глицин по коду GGC
прикрепляется в модели под углом альфа-спирали, по коду GGA - под углом
бета-слоя, по коду GGT - под углом второго остатка бета-поворота. Этот
поворот кодируется последовательностью "Альфа-кси-альфа", например GGC GGT
GGC.
.
Теперь представьте себе, что вы делаете последовательно 22 шага в трехмерном
пространстве и на 22-ом шаге подходите к началу пути. Забавно, не правда ли?
Случайно попасть к началу на 22 шаге имеет вероятность 1/30 000 000 000.
.
Не все белки мы можем построить с такой точностью. Дело в том, что в нашей
программе не заложены поправки на деформацию C-N и C-C связей за счет
образования водородных связей, скажем в альфа-спирали. Погрешность из-за
упрощения программы составляет до 12 градусов на каждой аминокислоте.
Понятно, что при таком отклонении от реальной траектории роста белковой цепи
мы не получим дальний порядок расположения атомов.
.
Для уточнения дальнего порядка нужно дописать программу (алгоритм есть уже
давно, а программисты без зарплаты не работают). Даже точный геометрический
алгоритм не даст большой точности дальнего порядка, т.к. изменение Ph,
температуры и других параметров раствора могут влиять на дальний порядок.
Его точное определение требует учета физ-хим. взаимодействий между атомами.
Вот тут Вам и карты в руки. Этим уровнем мы практически не занимались, хотя
я слышал, что ести программы, оптимизирующие грубо полученную структуру
белка по методам минимизации энергии связей и по градиентам.
.
> Не затруднило ли бы Вас прислать
> нам сводную таблицу всех сделанных Вами предсказаний и их сравнение с
> результатами РСА или ЯМР тех же белков.
.
-Сводную таблицу можно взять с моего сайта
http://ftp.decsy.ru/nanoworld/data/e_mail/20010111/cafasp.htm
На эту таблицу можно выйти через раздел "тексты" 20010112 Конкурс по белкам.
Весь архив моих предсказаний на CAFASP-2 находится по адресу:
http://nanoworld.narod.ru/texts/targets.tar.bz2 и весит 1.3 Mb
Сравнить данные с рентгеном легко на уровне вторичной структуры, т.к.
третичная хорошо совпадает только на близком расстоянии из-за неточных
углов.
.
>
> Если Ваш подход верен, то мы должны полностью пересмотреть свой, и
> немедленно, ибо сейчас решается организационная судьба нашей работы.
.
-Я не стал бы утверждать, что Вам нужно полностью что-то пересматривать, но
учесть генетическую информацию, дублирующую будущую пространственную
конфигурацию, поддерживающуюся за счет взаимодействий, желательно.
.
Правда,
> то, что мы моделируем - это не нативная, а промежуточная конформация
> трехмерных молекул белков. Для нативной у нас другой код (П-К-код)
> гипотетически выдвинут, и есть некоторая статистическая корреляция, но
меня
> она не удовлетворяет. Вопрос открыт, и если у Вас получается, то это
влечет
> за собой далеко ведущие последствия, и научные, и организационные.
.
- Ну, что ж, я буду рад сотрудничеству.
.
>
> Еще вопрос: если у Вас есть экспериментальные факты о том, что фолдинг
> химически синтезированных полипептидов отличается от фолдинга таких же
> полипептидов, синтезированных на рибосомах, пришлите, пожалуйста, ссылки.
.
- Я думаю, что Вам будет интересно посмотреть реферат диссертации проф.
Лима.
Lim V.I., Steinberg S.V. A novel structural model for silk fibroin: alfa-L,
alfa-R, beta-structure. - FEBS Lett., 1981, v.131, No.2, p. 203-207.
.
>
> С уважением.
>
> Роза
С уважением,
Александр




3.gif - модель лизоцима



2.gif - анимация модели лизоцима
.
.
.
20010228 20.28 20.45 Роза Идлис:
О каком из лизоцимов идет речь? Их много десятков в банке Swiss-Prot под тем
классификационным номером E.C.3.2.1.17, что Вы указали. У каждого из лизоцимов 
есть еще персональный идентификатор и номер хранения в банке. 
>Известно, что 22 аминокислотных остатка замыкаются в цикл через дисульфидный мостик. Наш
> алгоритм чисто геометрический. Каждая следующая аминокислота присоединяестя
> в модели к предыдущей под табличным углом, например глицин по коду GGC
> прикрепляется в модели под углом альфа-спирали, по коду GGA - под углом
> бета-слоя, по коду GGT - под углом второго остатка бета-поворота. Этот
> поворот кодируется последовательностью "Альфа-кси-альфа", например GGC GGT
> GGC.
> .
> Теперь представьте себе, что вы делаете последовательно 22 шага в трехмерном
> пространстве и на 22-ом шаге подходите к началу пути. Забавно, не правда ли?
> Случайно попасть к началу на 22 шаге имеет вероятность 1/30 000 000 000.
Впечатляюще. Но у нас замыкание дисульфидных мостиков происходило по ходу 
образования системы А-А-связей между аминокислотными остатками формирующейся 
молекулы белка, то есть у промежуточной молекулы белка. Когда А-А-связи приводили
соответствующие цистеиновые остатки в суперпозицию друг с другом, возникал мостик.
Более того, Томас Крэйтон показал, что при ренатурации денатурированного белка с
разорванными дисульфидами этот белок постепенно ренатурирует и при этом его 
дисульфидная структура восстанавливается не сразу, а проходит через стадии
образования ненативных мостиков. которые затем реорганизуются. И у нас то же самое
получается: реорганизация мостиков. Таким образом, Ваш результат и наши данные
плюс эксперименты Крэйтона противоречат друг другу, и поэтому один этот пример
с петлей меня не убеждает. 
> Не все белки мы можем построить с такой точностью. Дело в том, что в нашей
> программе не заложены поправки на деформацию C-N и C-C связей за счет
> образования водородных связей, скажем в альфа-спирали. Погрешность из-за
> упрощения программы составляет до 12 градусов на каждой аминокислоте.
> Понятно, что при таком отклонении от реальной траектории роста белковой цепи
> мы не получим дальний порядок расположения атомов. 
Но предсказать вторичную структуру ведь можете? А это уже очень много! 
И какие же все-таки результаты? Не на фибриллярных белках, а на глобулярных. Не вообще, 
а конкретно. Например, какой результат дает Ваша программа на таком белке как репрессор
c фага лямбда (сиквенс http://www.expasy.ch/cgi-bin/niceprot.pl?P03040, ген
http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-e+[{EMBL%20EMBLNEW}-ProteinID:AAA96582] 

> Для уточнения дальнего порядка нужно дописать программу (алгоритм есть уже
> давно, а программисты без зарплаты не работают). Даже точный геометрический
> алгоритм не даст большой точности дальнего порядка, т.к. изменение Ph,
> температуры и других параметров раствора могут влиять на дальний порядок.
> Его точное определение требует учета физ-хим. взаимодействий между атомами.
> Вот тут Вам и карты в руки. 
К сожалению, нет. Я сама думаю найти или организовать такую команду, в которой
были бы люди, в этом понимающие. Ибо, если мы правы, и А-А-связи действительно
существуют как новый тип химических связей, то необходимо детально разобраться
с их структурой и путем моделирования, и привлекая экспериментальные методы анализа. 
Наше полуэмпирическое ручное моделирование при помощи СРК-моделей атомов дало
решение только в первом приближении. Это скорее постановка задачи и первый шаг по
целине, а я хочу разобраться до конца. 
Этим уровнем мы практически не занимались, хотя
> я слышал, что ести программы, оптимизирующие грубо полученную структуру
> белка по методам минимизации энергии связей и по градиентам. 
Программы-то есть, вопрос. насколько им можно доверять :). Решения проблемы-то ведь нету :). 

> .
> > Не затруднило ли бы Вас прислать
> > нам сводную таблицу всех сделанных Вами предсказаний и их сравнение с
> > результатами РСА или ЯМР тех же белков.
> .
> -Сводную таблицу можно взять с моего сайта
> http://ftp.decsy.ru/nanoworld/data/e_mail/20010111/cafasp.htm 
Не нашла там Ваших результатов. Или не поняла, как до них добраться. 

> На эту таблицу можно выйти через раздел "тексты" 20010112 Конкурс по белкам.
> Весь архив моих предсказаний на CAFASP-2 находится по адресу:
> http://nanoworld.narod.ru/texts/targets.tar.bz2 и весит 1.3 Mb 
Файл сгрузила, но не знаю, какой программой его открыть. Ни NotePad, ни Word его не кушают.
А сына, который мне с компьютером помогал, в армию забрали. Как мне этот файл прочитать? 

> Сравнить данные с рентгеном легко на уровне вторичной структуры, т.к.
> третичная хорошо совпадает только на близком расстоянии из-за неточных
> углов. 
Это меня не смущает, но я до сравнения Ваших предсказаний вторичных структур все никак не могу добраться. 
Помогите, пожалуйста, а то я уже много времени на поиск потратила. и все никак. 

> .
> >
> > Если Ваш подход верен, то мы должны полностью пересмотреть свой, и
> > немедленно, ибо сейчас решается организационная судьба нашей работы.
> .
> -Я не стал бы утверждать, что Вам нужно полностью что-то пересматривать, но
> учесть генетическую информацию, дублирующую будущую пространственную
> конфигурацию, поддерживающуюся за счет взаимодействий, желательно.
> . 
Сначала я хочу увидеть своими глазами, насколько Ваша гипотеза согласуется с фактами. 
> Правда,
> > то, что мы моделируем - это не нативная, а промежуточная конформация
> > трехмерных молекул белков. Для нативной у нас другой код (П-К-код)
> > гипотетически выдвинут, и есть некоторая статистическая корреляция, но
> меня
> > она не удовлетворяет. Вопрос открыт, и если у Вас получается, то это
> влечет
> > за собой далеко ведущие последствия, и научные, и организационные.
> .
> - Ну, что ж, я буду рад сотрудничеству. 
Я тоже. Если у Вас действительно есть момент истины, то можно было бы прямо сейчас включить
вашу тему в программу исследовательских работ по фолдингу, которую начал рассматривать
крупнейший в Израиле венчурный фонд. Само собой понятно, что это можно затевать, только
достоверно зная, как обстоит дело. 
Моя миссия - учинить полную проверку идее кода фолдинга и узнавания белков, высказанной
Л.Б.Меклером. Поставить соответствующие круциальные тесты, в которых наличие этого код 
или его отсутствие было бы выявлено. Если да, то развить этот подход до технологий 
(рациональное проектирование специфически связывающихся со своими мишенями пептидов,
проектирование пептидных вакцин, редизайн белков с целью направленного изменения их
свойств, например, термостабильности). Если нет - получить такие факты, которые бы его 
опровергли, продемонстрировали бы с полной ясностью, что этот путь отсутствует. Вот для 
этого я и обращаюсь в фонд. 
Кроме этой темы, которую я хочу завершить как можно скорее, у меня есть интересы за пределами
биотехнологий. Хотя я и потратила на свое увлечение биологией больше 20 лет жизни, но... сегодня
я думаю, что людям эти биотехнологии на самом деле не так уж нужны, сегодня это по большей 
части просто бизнес. Большой постиндустриальный бизнес. Эйфория пройдет, а проблемы у 
людей останутся и даже усугубятся. Компьютеры не дадут ума, а лекарства не дадут здоровья. 
Нужно другое: детоксикация сознания, детоксикация внутренней среды и детоксикация внешней
среды. Здоровый образ жизни в гармонии с природой и людьми. Найти себя и свое дело. 
Практически это означает, что для той модели жизни, которой я сама хотела бы жить и детям
передать, нужно разработать типовые модели экопоселений, пригодных для разных 
климатических зон. На Ближнем Востоке основная проблема - это вода и энергия. Поэтому первое,
что я ищу, это генераторы энергии для таких поселений. У Вас там про генераторы энергии тоже
есть, но выше моего разумения :). Можно ли, например, мне сегодня купить у Вас генератор,
который Вы разработали, установить его в своей квартире и перестать платить электрической
компании по 150 долларов в месяц? Если у вас есть, что предложить, то я не прочь попробовать 
себя в роли дилера или предпринимателя. 

> >
> > Еще вопрос: если у Вас есть экспериментальные факты о том, что фолдинг
> > химически синтезированных полипептидов отличается от фолдинга таких же
> > полипептидов, синтезированных на рибосомах, пришлите, пожалуйста, ссылки.
> .
> - Я думаю, что Вам будет интересно посмотреть реферат диссертации проф.
> Лима.
> Lim V.I., Steinberg S.V. A novel structural model for silk fibroin: alfa-L,
> alfa-R, beta-structure. - FEBS Lett., 1981, v.131, No.2, p. 203-207.
Посмотрю. А есть еще что-нибудь, еще чьи-то работы? За 20 лет биологи много чего наисследовали. 
.
.
.
20010228 22.59 Александр Кушелев:
.
Роза: О каком из лизоцимов идет речь? Их много десятков в банке Swiss-Prot под тем
классификационным номером E.C.3.2.1.17, что Вы указали. У каждого из лизоцимов есть
еще персональный идентификатор и номер хранения в банке. 
.
Александр:
ID AGHLYS standard; DNA; SYN; 509 BP.
XX
AC X75362;
XX
DT 11-OCT-1993 (Rel. 37, Created)
DT 11-OCT-1993 (Rel. 37, Last updated, Version 1)
XX
DE Artificial gene for human lysozyme
XX
KW lysozyme.
XX
OS Artificial gene
OC Artificial sequences; Genes.
XX
RN [1]
RA Prodromou C., Pearl L.H.;
RT "Recursive PCR: a novel technique for total gene synthesis";
RL Protein Eng. 5:827-829(1992).
XX
RN [2]
RP 1-509
RA Prodromou C.;
RT ;
RL Submitted (07-OCT-1993) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases.
RL C. Prodromou, University College London, Biomolecular Modelling &
RL Structure Unit, Biochemistry & Molecular Biology, Gower St., London
RL WC1E 6BT, UK
XX
FH Key Location/Qualifiers
FH
FT source 1..509
FT /organism="Artificial gene"
FT CDS 325..391
FT /gene="LYZ"
FT /EC_number="3.2.1.17"
FT /product="lysozyme"
FT terminator 456..436
FT /note="transcription terminator region of gene 10B of
FT bacteriophage T7"
XX
SQ Sequence 509 BP; 130 A; 100 C; 134 G; 145 T; 0 other;
gaattcaaat aatttgttta actttaagga gatctacata tgaaggtttt cgaaagatgt
gagctcgcta gaaccttgaa gagattgggt atggacgggt accgtggtat ctctttggct
aactggatgt gtttggctaa gtgggaatct ggttacaaca ctcgagctac caactacaac
gctggtgaca ggtcgaccga ctacggtatc ttccaaatta attctagata ctggtgtaac
gacggtaaga ccccaggcgc cgttaacgct tgtcacttgt cttgttctgc tttgctgcag
gacaacatcg ctgacgctgt tgcttgtgct aaacgcgttg ttagagaccc acaaggtatc
agagcttggg ttgcttggag aaatcgatgt caaaacagag acgtcagaca atacgttcaa
ggttgtggtg tttagtaagg atcctctaga ataacccctt ggggcctcta aacgggtctt
gaggggtttt tgctccatgg aggaagctt
// 
Вы сами можете его подать на вход программы http://ftp.decsy.ru/nanoworld/data/programs/dnetoent/dne_to_ent.htm 
.
11.05 Роза:
Впечатляюще. Но у нас замыкание дисульфидных мостиков происходило по ходу образования системы А-А-связей
между аминокислотными остатками формирующейся молекулы белка, то есть у промежуточной молекулы белка. 
Когда А-А-связи приводили соответствующие цистеиновые остатки в суперпозицию друг с другом, возникал мостик. 
.
Александр:
-А что такое A-A-связь? 
.
11.05 Роза:
Более того, Томас Крэйтон показал, что при ренатурации денатурированного белка с разорванными дисульфидами
этот белок постепенно ренатурирует и при этом его дисульфидная структура восстанавливается не сразу, а
проходит через стадии образования ненативных мостиков. которые затем реорганизуются. И у нас то же самое
получается: реорганизация мостиков. Таким образом, Ваш результат и наши данные плюс эксперименты Крэйтона
противоречат друг другу, и поэтому один этот пример с петлей меня не убеждает. 
.
Александр:
- Пока я не вижу противоречия, т.к. мои модели не требуют немедленного и окончательного образования
дисульфидных мостиков. Наоборот, долгий переходной процесс ренатурации имеет естественное объяснение
и наглядное моделирование в масштабе 1:100 000 000. 
.
11.05 Роза:
Но предсказать вторичную структуру ведь можете? А это уже очень много! 
И какие же все-таки результаты? Не на фибриллярных белках, а на глобулярных. Не вообще, а конкретно. 
Например, какой результат дает Ваша программа на таком белке как репрессор c фага лямбда 
(сиквенс http://www.expasy.ch/cgi-bin/niceprot.pl?P03040, ген 
http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-e+[{EMBL%20EMBLNEW}-ProteinID:AAA96582] 

Александр:
-Я завтра попробую взять ген по Вашей ссылке http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi- Если Вам очень срочно нужно,
то можете сами подать его на вход нашей программе по адресу:
http://ftp.decsy.ru/nanoworld/data/programs/dnetoent/dne_to_ent.htm 
Правда там сейчас ремонт, поэтому сервер иногда выключают на день-два. Вкладываю эту программу
в письмо. Она требует, чтобы CDS был одним единственным и не COMPLEMENT. 
> Его точное определение требует учета физ-хим. взаимодействий между атомами.
> Вот тут Вам и карты в руки. 
.
11.05 Роза:
К сожалению, нет. Я сама думаю найти или организовать такую команду, в которой были бы люди, в этом
понимающие. Ибо, если мы правы, и А-А-связи действительно существуют как новый тип химических связей,
то необходимо детально разобраться с их структурой и путем моделирования, и привлекая
экспериментальные методы анализа. Наше полуэмпирическое ручное моделирование при помощи
СРК-моделей атомов дало решение только в первом приближении. Это скорее постановка задачи и
первый шаг по целине, а я хочу разобраться до конца. 
.
Александр:
Наши кольцегранные модели могут Вам помочь, т.к. теоретическая точность у них - доли пикометра 
(если нет теплового шума). 
.
11.05 Роза:
Программы-то есть, вопрос. насколько им можно доверять :). Решения проблемы-то ведь нету :). 
.
Александр:
- Да. Мы пытались пользоваться программой "Гиперхимия" Ничего похожего на правду не получилось... 
.
11.05 Роза:
> .
> > Не затруднило ли бы Вас прислать
> > нам сводную таблицу всех сделанных Вами предсказаний и их сравнение с
> > результатами РСА или ЯМР тех же белков.
> .
> -Сводную таблицу можно взять с моего сайта
> http://ftp.decsy.ru/nanoworld/data/e_mail/20010111/cafasp.htm 
.
11.05 Роза:
Не нашла там Ваших результатов. Или не поняла, как до них добраться. 
.
Александр:
- Вкладываю эту таблицу в письмо. Мы там под номером 33 (nanoworld). 

> http://nanoworld.narod.ru/texts/targets.tar.bz2 и весит 1.3 Mb 
.
Роза:
Файл сгрузила, но не знаю, какой программой его открыть. Ни NotePad, ни Word его не кушают.
А сына, который мне с компьютером помогал, в армию забрали. Как мне этот файл прочитать? 
.
Александр:
Это архиватор, который используют организаторы конкурса. У меня тоже нет этой программы.
Она есть у моего программиста, попробую у него взять, но не сегодня. 

.
Роза:
я до сравнения Ваших предсказаний вторичных структур все никак не могу добраться. 
.
Александр:
Вкладываю в письмо свою старую и новую статьи. Там есть статистика... Картинки к сожалению
придется смотреть отдельно, подбирая по именам. На сайте все должно смотреться. Можете
ознакомиться с оглавлением архива (text2000.htm вкладываю в письмо) 
.
Роза:
Помогите, пожалуйста, а то я уже много времени на поиск потратила. и все никак. 
Сначала я хочу увидеть своими глазами, насколько Ваша гипотеза согласуется с фактами. 
> - Ну, что ж, я буду рад сотрудничеству. 
Я тоже. Если у Вас действительно есть момент истины, то можно было бы прямо сейчас включить
вашу тему в программу исследовательских работ по фолдингу, которую начал рассматривать 
крупнейший в Израиле венчурный фонд. Само собой понятно, что это можно затевать, только
достоверно зная, как обстоит дело. 
.
Александр:
- Cогласен. 
.
Роза:
Моя миссия - учинить полную проверку идее ... 
.
Александр:
- Хорошая идея... 
.
Роза:
Можно ли, например, мне сегодня купить у Вас генератор, который Вы разработали, установить его
в своей квартире и перестать платить электрической компании по 150 долларов в месяц? Если у 
вас есть, что предложить, то я не прочь попробовать себя в роли дилера или предпринимателя. 
.
Александр:
- У нас есть установка, которая демонстрирует наличие нового вида энергии, но генератора еще нет.
Мы собираемся его запускать, т.к. модель уже готова, но эксперимент по запуски еще не оплачен... 

> Lim V.I., Steinberg S.V. A novel structural model for silk fibroin: alfa-L,
> alfa-R, beta-structure. - FEBS Lett., 1981, v.131, No.2, p. 203-207.
.
Роза:
Посмотрю. А есть еще что-нибудь, еще чьи-то работы? За 20 лет биологи много чего наисследовали. 
.
Александр:
-Я фактически не занимаюсь этой темой с 93 года, т.к. главным направлением стало разработка 
источника энергии. Поэтому программу по белкам сделали лишь в первом приближении, фактически
в рекламных целях. Авось кому интересно будет... Даже микроволновый движитель, который может
разогнать летательный аппарат почти до скорости света был испытан и эксперимент опубликован
в целях рекламы работ по созданию источника энергии. 
Привожу текст статьи с переводом на русский язык: 
С уважением,
Александр
 
.
.
.
20010302 00.44 (удалось доставить 20010302 10.30) Александр Кушелев:
Здравствуйте, Роза! 
idlis.ent - результат работы нашей программы по вашему гену:
http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-e+[{EMBL%20EMBLNEW}-ProteinID:AAA96582] 
dne2ent.exe - DOS-программа, которая делает то же самое, но быстрее, чем dne_to_ent.htm  Syntax: dne2ent.exe name.dne  
В результате программа сформирует файл с расширением ENT (PDB-формат) 
dne_sta.exe - программа определения вторичной структуры (тоже работает под управлением DOS) Syntax: dne_sta.exe test.dne  
Test.sta - вторичная структура (в формате txt (кодировка DOS)) 
. 
Best regards, 
Alexander Kushelev 
 
.
.
.
20010302 10.46 Александр Кушелев:
Уважаемая Роза! 
Досылаю Вам вторичную структуру белка (кодировка DOS), построенную программой dne_sta.exe по Вашему гену: 
http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-e+[{EMBL%20EMBLNEW}-ProteinID:AAA96582] 
See attachment, please. 
Your Kushelev 
 
.
.
.
20010302 11.36 11.46 Роза Идлис:
Уважаемый Александр Юрьевич! 
К сожалению, опять ничего не понимаю. Это не та структура! Аминокислотная последовательность
репрессора кро следующая: 
FASTA format of SWISS-PROT entry: P03040
>sp|P03040|RCRO_LAMBD REGULATORY PROTEIN CRO - Bacteriophage lambda.
MEQRITLKDYAMRFGQTKTAKDLGVYQSAINKAIHAGRKIFLTINADGSVYAEEVKPFPSNKKTTA
А у Вас не 66 остатков, а 55, и они совсем другие... :((( 
Кроме того, я не понимаю Ваших обозначений. Как символы справа от последовательности соотносятся с альфа-спиралями, бета-нитями и т.д.? 
Файлы из предыдущего письма либо не открываются, либо требуют отсутствующих программ, в общем, ничего не могу с этим материалом сделать. Мне нужно в стандартном виде txt or doc or htm, иначе я с этим не управлюсь, пока сын на побывку из армии не приедет, то есть не раньше, чем через неделю. 
К вопросу о том, что такое А-А-связь. Об этом было детально в "Природе". Это наш фундамент, так же как у Вас - кольцевая модель электрона. Мы предполагаем, что аминокислотные остатки, кодируемые взаимно комплементарными кодонами (то есть кодоном и антикодоном), сами взаимно стереокомплементарны. Это отношение комплементарности мы назвали биокодом или А-А-кодом. Это и есть искомая "вторая половина генетического кода". Специфическое взаимодействие аминокислотных остатков по А-А-коду мы и называем А-А-связью. 
С уважением. 
Роза
.
.
.
20010302 17.12 Александр Кушелев:
. 
11.46 Роза: 
Уважаемый Александр Юрьевич! 
К сожалению, опять ничего не понимаю. Это не та структура! Аминокислотная последовательность репрессора кро следующая: 
FASTA format of SWISS-PROT entry: P03040
>sp|P03040|RCRO_LAMBD REGULATORY PROTEIN CRO - Bacteriophage lambda.
MEQRITLKDYAMRFGQTKTAKDLGVYQSAINKAIHAGRKIFLTINADGSVYAEEVKPFPSNKKTTA
А у Вас не 66 остатков, а 55, и они совсем другие... :((( 
. 
16.19 Александр: 
- Прошу прощения, я по ошибке прислал сырую версию программы, которая не правильно работает.
Вкладываю в письмо рабочую версию (dne_str.exe), 
ген (idlis.dne) и результат (idlis_dos.txt). 
На остальную часть письма отвечу позже. 
Ваш Александр Кушелев 

.
.
.
20010302 18.57 Александр Кушелев:
Роза: 
Файлы из предыдущего письма либо не открываются, либо требуют отсутствующих программ, в общем,
ничего не могу с этим материалом сделать. Мне нужно в стандартном виде txt or doc or htm, иначе я с
этим не управлюсь, пока сын на побывку из армии не приедет, то есть не раньше, чем через неделю. 
. 
18.08 Александр: 
Если Вы можете запускать программы под управлением DOS, то сами сможете пользоваться
программами dne2ent.exe (конвертор гена в 3D-структуру) и dne_str.exe (конвертор гена в 2D-структуру). 
Если Вы можете смотреть только файлы txt, doc и htm, то для Вас доступна только программа 
http://ftp.decsy.ru/nanoworld/DATA/PROGRAMS/DNETOENT/dne_to_ent.htm (сервер работает не
постоянно, т.к. в помещении идет ремонт). 
По таблице cafasp.htm, которую я Вам прислал ранее, вы можете выйти на базу данных конкурса
CAFASP-2, где должны храниться наши данные под номером 33 (nanoworld). Если эти данные уже 
уберут, то я их Вам все-равно пришлю. Проблема в том, что в запакованном виде они весят
1.3 Мегабайта, а в распакованном - больше 4Мб. Они имеют расширение PDB, но я могу для Вас
их переименовать в txt. 
В качестве примера вкладываю файл T0050_DNE.txt (ген 50-ого белка с конкурса CAFASP-2), 
T0050_PDP.txt (3D-структура в стандарте PDP), T0050_STR.txt (вторичная структура в стандарте 
NanoWorld Laboratory). 
. 
Роза: 
К вопросу о том, что такое А-А-связь. Об этом было детально в "Природе". Это наш фундамент, 
так же как у Вас - кольцевая модель электрона. Мы предполагаем, что аминокислотные остатки,
кодируемые взаимно комплементарными кодонами (то есть кодоном и антикодоном), сами
взаимно стереокомплементарны. Это отношение комплементарности мы назвали биокодом
или А-А-кодом. Это и есть искомая "вторая половина генетического кода". Специфическое
взаимодействие аминокислотных остатков по А-А-коду мы и называем А-А-связью. 
. 
18.27 Александр: 
-Значит gta, gtc, gtg, gtt, соответствующие Val комплементарны caa, cac, cag, cat, 
соответствующие Gln и His, следовательно Gln и His как бы синонимы? Однако, 
у них радикалы принципиально отличаются. У Gln - это несопряженная система, 
а у His - сопряженная. Известно, что сопряженная структура сильно отличается 
по свойствам от несопряженной. Как это укладывается в Вашу модель? 
. 
Роза: 
С уважением. 
Роза 
. 
18.36 Александр: 
С уважением, 
Ваш Александр Кушелев 

.
.
.
20010303 21.01 21.18 Роза Идлис:
К вопросу о том, что такое А-А-связь. Об этом было детально в "Природе". Это наш фундамент,
так же как у Вас - кольцевая модель электрона. Мы предполагаем, что аминокислотные остатки, 
кодируемые взаимно комплементарными кодонами (то есть кодоном и антикодоном), сами
взаимно стереокомплементарны. Это отношение комплементарности мы назвали биокодом
или А-А-кодом. Это и есть искомая "вторая половина генетического кода". Специфическое 
взаимодействие аминокислотных остатков по А-А-коду мы и называем А-А-связью. 
. 
18.27 Александр: 
-Значит gta, gtc, gtg, gtt, соответствующие Val комплементарны caa, cac, cag, cat, соответствующие
Gln и His, следовательно Gln и His как бы синонимы? 
Нет, читать антикодон нужно не в прямом, а в обратном направлении, так, как он считывается 
в природе. Валину будут комплементарны His, Tyr, Asn и Asp. 
А Gln входит в другую компоненту связности графа А-А-кода (см. нашу статью) и комплементарен Leu. 
Однако, у них радикалы принципиально отличаются. У Gln - это несопряженная система, а у 
His - сопряженная. Известно, что сопряженная структура сильно отличается по свойствам от
несопряженной. Как это укладывается в Вашу модель?
. 
Ваше предсказание его, насколько я вижу, не работает: 
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/5cro/main.html 
у этой молекулы есть и зона альфа-спиралей, и зона бета-структур: 

См. также http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/5cro/pdb5croO_sum.html 
А у Вас, насколько я понимаю таблицу для этого белка, сгенерированную Вашей
программой, не предсказывается ни то, ни другое. Может, я неверно трактую?
Но напишите, пожалуйста, как нужно трактовать Ваше предсказание, как по
рисунку из символов определять сегменты, соответствующие альфа-спиралям
и бета-нитям? 
С уважением. 
Роза


20010303 09.58 Алексаднр Кушелев:
20010302 18.27 Александр: 
-Значит gta, gtc, gtg, gtt, соответствующие Val комплементарны caa, cac, cag, cat,
соответствующие Gln и His, следовательно Gln и His как бы синонимы? 
. 
Роза: Нет, читать антикодон нужно не в прямом, а в обратном направлении, 
так, как он считывается в природе. Валину будут комплементарны His, Tyr, Asn и Asp. 
А Gln входит в другую компоненту связности графа А-А-кода (см. нашу статью) и
комплементарен Leu. 
. 
20010302 18.27 Однако, у них радикалы принципиально отличаются. У Gln - это
несопряженная система, а у His - сопряженная. Известно, что сопряженная
структура сильно отличается по свойствам от несопряженной. Как это
укладывается в Вашу модель? 
. 
20010303 09.11 Александр: Так все-таки как это укладывается в Вашу модель? 
. 
20010302 Роза: Ваше предсказание его, насколько я вижу, не работает: 
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/5cro/main.html 
у этой молекулы есть и зона альфа-спиралей, и зона бета-структур:

См. также http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/5cro/pdb5croO_sum.html 
А у Вас, насколько я понимаю таблицу для этого белка, сгенерированную Вашей
программой, не предсказывается ни то, ни другое. Может, я неверно трактую?
Но напишите, пожалуйста, как нужно трактовать Ваше предсказание, как по
рисунку из символов определять сегменты, соответствующие альфа-спиралям
и бета-нитям? 
. 
20010303 09.14 Александр: Вы пишите, что для данного белка мое предсказание
не работает. Я бы написал, что для некоторых белков мои предсказания очень
точно совпадают с предсказаниями других авторов, а для других на первый
взгляд совсем не совпадают. Это может говорить о том, что мое предсказание
не работает, однако, это может говорить и о том, что не работают предсказания
других авторов.

Есть еще очень важная деталь. Программа показывает, как строится молекула
белка рибосомой, однако, после построения она может быть обработана
ферментами, которые переделают ее до неузнаваемости...

Композиционный код позволяет построить именно эмбриональную конформацию
белка, а не то, что может получиться после того, как ферменты, скажем порежут
этот белок на куски и соединят в другом порядке. 
. 
Что касается альфа-спиральных участков и бета-структур, то при таких малых
размерах белка говорить о них я бы сказал не очень корректно. Дело в том,
что рентгеноструктурным методом можно исследовать только кристаллы,
выращенные из однотипных белковых молекул. При кристаллизации короткие
белки могут сильно менять структуру, образуя похожие на бета-слои
кристаллические участки. Во многих глобулярных белках, например в том же
лизоциме, может показаться, что он состоит из коротких альфа-спиральных
участков, как, например, гемоглобин или миоглобин, тропонин-С или альфа-керотин.
Если Вы запустите мою программу с генами гемоглобина, миоглобина, тропонина
или альфа-керотина, то увидите, что они действительно состоят из участков
альфа-спиралей. Однако, множество глобулярных белков, например, тот же
лизоцим, состоит вовсе не из альфа-спиралей, как это кажется многим исследователям.

Вы же видите, что 22 аминокислотных остатка замыкаются там, где и должны
замкнуться, но структура-то не альфа-спиральная! 
. 
Когда такие глобулярные белки пытаются изобразить набором альфа-спиралей,
то выясняется, что расстояние между соседними остатками вдруг увеличивается в
два-три раза! Для сглаживания противоречий приходится изобретать все новые виды
"поворотов" альфа и бета-структур. 
. 
А теперь скажите откровенно, что это за альфа-спирали, состоящие из сплошных
поворотов? Пора уже признаться, что альфа-спирали и бета-слои, состоящие из
сплошных поворотов это не альфа-спирали и не бета-слои. 
. 
Я предлагаю Вам для проверки моих моделей и программ воспользоваться не
малоизученными белками, где разные авторы и разные программы дают либо
противоречивые результаты, либо традиционные, а теми белками, где разными
методами надежно установлена хотя бы часть вторичной и третичной структур. 
. 
Возьмите инсулин, миоглобин, гемоглобин, тропонин-С, альфа-керотины, фиброины,
лизоцим, окситоцин, коллаген. Посмотрите, как работает моя программа на всех
типах белков с хорошо изученной структурой, а затем делайте вывод чьи модели
работают, а чьи не работают. 
. 
В этом ключе есть два интересных нюанса. Когда я показываю работу программы
специалистам по рентгеноструктурному анализу, то типовые вопросы, которые
мне задают, это 1. У Вас альфа-спиральные участки могут начинаться и
заканчиваться на целых 5 аминокислот раньше или позже, чем показывает рентген.
А рентген имеет точность не хуже 1.5...2 А. На это я им по привычке отвечаю:
давайте рассуждать. Рентген ошибается на ангстрем во всех направлениях? 
-Да. 
-Если мы по ошибке на агнстрем попадем на соседний атом это нормально? 
-Да. 
-Если этот соседний атом принадлежит соседнему аминокислотному остатку
это ничего страшного? 
-Да. 
-Если этот аминокислотный остаток лежит на соседнем витке альфа-спирали,
то все нормально? 
-А... 
И тут они начинают соображать, что ошибка на один ангстрем и ошибка на 5
аминокислотных остатков может быть одной и той же ошибкой рентгена... 
После этого они с большим интересом начинают смотреть на необычные
кружева, которые выписывает моя программа. Они не совпадают с "бревнами",
которые строили по рентгену 10 лет назад, она не совпадает и с изогнутыми
жердями, которые строят по рентгену сегодня, но согласитесь, что "бревна"
рентгена 10-летней давности не совпадают с "жердями" и "нитями" сегодняшнего
рентгена. Рентген сегодня интерпретируется не так, как вчера, а завтра будет
интерпретироваться не так, как сегодня. Ведь на нем не видно даже целых
атомных групп, не говоря уже об отдельных атомах. С каждым годом он все
ближе подходит к той структуре, которую Вы можете наблюдать с помощью
моей программы. Поэтому, когда я вижу, что новая модель не совпадает со
старой я никогда не скажу, что она не работает. Это все равно, что сказать
Копернику, что Ваша модель солнечной системы не работает, потому что она
не совпадает с системой Птолемея. Так что для категоричных утверждений
нужны убедительные аргументы... 
20010302 С уважением. 
Роза 
20010303 09.57 Ваш Александр Кушелев. 
P/S 
Только что мне звонил Ваш отец. Он сказал, что приедет ко мне через час-полтора. 
 
.
.
.