Проект №4. Технология моделирования структуры белка

Проект №4 Технология моделирования структуры белка

Основные области применения:

Генная инженерия, биотехнология, нанотехнология, фармакология.

Назначение:

Определения пространственной структуры натуральных белков.

Краткая характеристика:

Система программ "Пикотехнология", созданная на базе композиционного генетического кода, открытого в лаборатории "Наномир", дополняет метод рентгеноструктурного анализа.

Рентген позволяет определять структуру белкового кристалла. Наша система "Пикотехнология" позволяет определять так называемую "эмбриональную конформацию белка", т.е. структуру, собираемую на рибосоме. В качестве примера можно рассмотреть структуру инсулина, полученную по рентгену и структуру проинсулина, полученную с помощью нашей системы. Первая является зрелым белком, а вторая – белком-предшественником.

Моделируя работу рибосомы, система "Пикотехнология" определяет структуру белка независимо от его способности образовывать кристаллы, что является преимуществом по сравнению с рентгеном.

Недостатком является невозможность определить структуру белка, измененного ферментами или получаемого в процессе самосборки. Также не поддаются определению структуры синтетических белков.

Большой статистический материал подтверждает высокую достоверность системы "Пикотехнология". Примером высокой точности является определенная в автоматическом режиме структура лизоцима, содержащего циклический фрагмент из 22 аминокислотных остатков.

Входной информацией для системы "Пикотехнология" является стандартный файл из базы данных (EMBL), содержащей нуклеотидные последовательности белков. Результатом работы системы "Пикотехнология" является файл в стандарте базы данных (PDB) белковых структур.

Преимущества:

Определение структуры белка с помощью системы "Пикотехнология" производится практически мгновенно и бесплатно.

Сравнительные параметры:

Виды анализа:	рентгеноструктурный анализ	система "Пикотехнология"
Стоимость ($/структура):	10 000	1
Время определения (мес.):	2...24	0.0

Стадия разработки:

Созданы три версии программы, позволяющие определять вторичную и пространственную структуру белка без учета физико-химического взаимодействия радикальных групп. Начата рекламная компания с предложением услуг.

Стоимость разработки и изготовления:

$100 000.

Продолжительность разработки:

1 год.

Ключевые слова:

Белки, протеины, структура белка, пикотехнология, третичная структура, пространственная структура, биотехнология, нанотехнология, генная инженерия, фармакология.