ПРОГРАММА ВОССТАНОВЛЕНИЯ ПРОСТРАНСТВЕННОЙ СТРУКТУРЫ БЕЛКА ПО ЕГО ГЕНЕТИЧЕСКОМУ КОДУ (GGENEDIT.EXE ДЛЯ WINDOWS 95)

Программа Ggenedit (Geometric gen Editor) позволяет смотреть структуры трех типов:

1. CRD-файлы;
2. GEN-файлы;
3. DNE-файлы.

1-й тип файлов кодируют объекты виртуальной реальности по координатам их вершин и ребрам, соединяющим эти вершины, согласно их нумерации.

2-й тип файлов кодирует объекты виртуальной реальности путем задания алгоритма их построения (см. описание в тексте Язык "Genetics")

3-й тип файлов - нуклеотидные последовательности из банка EMBL, представляющие собой генетический код реальных белков.

Для просмотра пространственной структуры белков по генетическому коду необходимо настроить программу Ggenedit: выберите в меню программы пункт "ПАРАМЕТРЫ". Выберите подпункт "Углы DNE". Введите значения углов композиционного кода по картам Рамачандрана:

Альфа-спираль X=30, Y=97, Z=0;
Бета-слой X=120, Y=25, Z=0;
Бета-поворот X=350, Y=67, Z=0;
3/10 альфа-спираль X=60, Y=110, Z=0.

Значение углов на 99.03.22 (в новой системе координат):

.......X.....Y.......Z
1...10.....30.....97
2.....0...120...120
3.....0....30....-60
4...10....30......80

Эти значения подобраны приближенно. Для более точного определения структуры белков их нужно уточнить, чем мы и занимаемся.

Учет условий среды (Ph, температура и пр.) возможен на уровне физического моделирования. Этот уровень еще не создан в программе.

При переходе на другой компьютер значения углов не сохраняются, т.к. они хранятся в файле WINDOWS\Nanowrld.ini.

Для переноса значения углов необходимо переписать этот файл в каталог WINDOWS того компьютера, где нужно смотреть файлы .DNE.

Программа 3D может смотреть только формат .CRD, но быстрее. Ей нужно указывать имя файла в качестве аргумента при вызове.

Программа Show.exe из каталога PIKOTECH создана в 1994 году, но в отличие от более поздних версий позволяет измерять расстояние между аминокислотами в пространственной структуре белка.